森林草莓6mA甲基转移酶基因鉴定及功能分析开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

1 表观遗传学特性

经典遗传学认为遗传的分子基础是核酸, 生命的遗传信息储存在核酸的碱基序列上, 碱基序列的改变会引起生物体表现型的改变, 而这种改变可以从上一代传递到下一代。然而,表观遗传学是对 dna、组蛋白、染色质进行修饰，在基因组层次上调控基因的表达,即通过控制基因的表达时间、空间位置和表达方式来调控发育工程及各种生理反应。生命有机体的大部分性状是由dna序列中编码蛋白质的基因传递的, 但是dna序列以外的化学标记编码的表观遗传密码, 对于植物的健康及其表型特征, 同样也有深刻的影响。表观遗传信息能够明显地影响生命有机体的健康及表型特征, 其中有一部分甚至可以从亲代传给子代, 但它们基本的dna序列没有改变。总的来说，决定表观遗传学过程的主要因素为dna甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑和非编码rna调控, 这4个因素的相互关系以及它们如何共同来调节染色质结构还有待进一步研究。

2 dna 6ma甲基化

2. 研究的基本内容和问题

1.1研究内容：

首先，运用hmmsearch软件、pfam网站以及mega等，构建包括森林草莓(fragaria vesca)等17个物种中的m6a修饰酶基因进化树，鉴定森林草莓中的6ma甲基转移酶基因，结合草莓的相关转录组数据对系统发生、结构、在不同组织和器官中的表达模式以及对热胁迫、冷胁迫和盐胁迫反应的综合性研究。

1.2拟解决的关键问题：

3. 研究的方法与方案

1.1 蛋白库的获取

森林草莓（fragariavesca）蛋白库来源于gdr（ftp://ftp.bioinfo.wsu.edu/species/fragaria_

vesca/fvesca-genome.v4.0.a1），其余16个物种，产气克莱勃氏杆菌、青霉、浮萍棘尾虫、曲霉菌、非洲爪蟾、人、秀丽隐杆线虫、白纹伊蚊、黑腹果蝇、莱茵衣藻、变形小球藻、无油樟、水稻、玉米、番茄、拟南芥16个物种数据来源于ncbi(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)。

4. 研究创新点

项目采用生物信息学和分子实验相结合的方法，在新的测序物种草莓中找出m6A修饰酶。

5. 研究计划与进展

（1）筹划阶段

（2019年12月30日—2020年3月1日）项目组成员通过查阅相关文献资料，结合已有的专业知识，并在指导老师指导下，了解m6a研究进展，掌握相关的实验原理和方法。

（2）m6a基因的鉴定和进化分析