菊花茎叶性状分子标记关联分析开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

1.本研究的目的意义

菊花是中国传统名花，深受人们喜爱（戴思兰，2004）。在世界范围内，菊花是市场上主要的鲜切花之一，也是重要的盆花、地被花卉（张莉俊 等，2009）。菊花起源于中国，是菊属部分野生种天然杂交再经过人工选育形成的，其主要亲本为毛华菊、野菊与紫花野菊等，经过长期天然杂交、人工选择和培育，产生了大量的种下变异，具有丰富的遗传多样性（戴思兰等，1997）。由于菊花遗传背景复杂以及传统数量性状分析方法存在一定的局限性，菊花重要观赏性状相关分子遗传机制一直是国内外研究的难点，相应优异基因资源挖掘和育种工作严重滞后。然而，关联分析则为菊花复杂性状的研究带来了新的曙光。

2.相关研究进展

2. 研究的基本内容和问题

1.1研究目标

(1) 探明切花菊种质资源的遗传多样性。

(2) 明确切花菊种质资源的群体结构与连锁不平衡水平。

3. 研究的方法与方案

2.1研究方法

采用随机区组方法进行田间试验设计；采用形态学观察法并结合统计方法鉴定多年、多点的叶色、株高、茎粗与叶缘锯齿等；采用适用于菊花的改良ctab法提取基因组dna；用srap、scot等分子标记进行全基因组分子标记扫描，获得大量的分子标记数据；采用excel和spss软件进行表型性状基本描述性数据处理；采用popgene、ntsys和treeview 软件进行遗传多样性研究；采用structure 2.2和tassel 3.0等软件进行群体结构和标记连锁不平衡分析；采用tassel 3.0的glm程序进行分子标记叶色、株高、茎粗与叶缘锯齿等表型性状的关联分析。

2.2技术路线

4. 研究创新点

3．本项目的创新之处

3.1研究内容的创新：本研究拟开展茎、叶复杂数量性状的分子遗传研究，研究内容新颖。

3.2研究手段和方法的特色：对本研究拟定的数量性状相关分子标记挖掘将采用试验周期短、精度高、研究群体遗传范围广的关联分析法进行，该方法是目前主要作物和部分园艺植物数量性状分子遗传研究的有效手段。利用srap、scot多种分子标记技术，以提高研究结果的可靠性；本课题组率先建立了适用于菊花的scot标记技术体系，该标记是一种基于单引物扩增反应（spar）的新型分子标记，产生偏向候选功能基因区的显性多态性标记；多态性丰富，操作简单。因此，本项目在研究手段和方法上具有很好的创新性。

5. 研究计划与进展

4.研究计划及预期进展

① 2012.102012.12 重要观赏性状表型统计鉴定；获得第一年表型鉴定数据。

② 2013.12013.5提取研究材料的基因组总dna；优化菊花的scot反应体系，并以8-10份材料的基因组dna为模板，筛选srap和scot标记的多态性引物。