枳 ATHB-8 HD-zip基因全长的克隆和生物信息学分析开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

研究意义：枳 [poncirus trifoliata (l.) raf.]是柑橘的重要的优良砧木之一，也是柑橘学研究的重要材料。

它是柑橘基因组学研究，尤其是est测序，以及柑橘分子生物学研究的重要对象（cristofani-yaly et al., 2007）。

在枳上开展athb8基因的表达分析，对于认识基因如何调控其花器官发育、童期转变以及提高砧木育种效率都有重要的理论价值。

2. 研究的基本内容和问题

研究目标：在枳上开展athb8基因的表达分析，对于认识基因如何调控其花器官发育、童期转变以及提高砧木育种效率都有重要的理论价值。

利用生物信息学方法以拟南芥athb8基因cdna序列作为模板，对枳est数据库进行同源检索筛选，电子克隆出枳athb8基因cdna序列。

以枳花器官cdna 为模板，根据电子克隆的枳基因cdna序列设计特异引物，分别利用race 技术和特异pcr 技术获得该基因3末端和5末端，序列拼接后获得枳的athb8基因的cdna全长。

3. 研究的方法与方案

技术路线：1.电子克隆2.实验克隆3.生物信息学分析实验方法：1.rna的提取与mrna的纯化 总rna的提取按照trizol reagent说明书进行。

mrna的纯化采用promega公司生产的ployattract mrna isolation system iv试剂盒进行2.cdna的合成以mrna为模板，引物p01反转录合成3.基因3和5末端pcr扩增以cdna为模板，分别用引物p03/p04和p05/p06进行pcr扩增，获得基因pt-athb8的3末端和5末端4.athb8基因orf的扩增以cdna为模板，用引物p07/p08进行pcr扩增，获得基因pt-athb8的orf。

5. athb8基因的生物信息学分析利用dnaman 5.22软件对orf、3末端和5末端等三个序列进行拼接分析；核苷酸和氨基酸序列分别利用ncbi的blastn和blastp（http//blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi）进行相似性分析；用clustal x1.8.1（thompson et al., 1997）工具对目的基因编码氨基酸序列与其他植物物种或果树种类的系统进化等方面进行分析。

4. 研究创新点

特色或创新之处：ATHB8是HD-Zip III类的成员之一，HD-Zip III类蛋白主要参与顶端分生组织的分化、维管组织形成、生长素的极性运输、胚胎发育以及近轴区域侧部器官的发育等调控过程。

在枳上开展ATHB8基因的表达分析，对于认识基因如何调控其花器官发育、童期转变以及提高砧木育种效率都有重要的理论价值。

5. 研究计划与进展

研究计划及预期进展：2016年3月中旬：于江苏省太湖常绿果树技术推广中心苏州科学研究所采样2016年4月：完成实验，获得数据2016年5月：论文撰写