1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)
到目前为止,植物中mirna数以百计的被报道,这些mirna中很大一部分是用生物信息学方法预测的。
然而,与编码蛋白质的基因有起始密码子和终止密码子相比,mirna分子的两端没有任何特征可以用来确定mirna成熟体序列,这使生物信息学方法预测mirna往往不能确定成熟的mirna在前体中的精确位置。
利用mir-race生物信息学预测的葡萄的mir172精确序列。
2. 研究的基本内容和问题
利用miR-验证了葡萄中生物信息学预测的葡萄的miR172精确序列的精确序列。
进一步利用RLM-5 RACE来验证miR172对其靶基因的剪切和荧光定量RT-PCR来研究精确序列的表达。
3. 研究的方法与方案
葡萄的幼叶、嫩茎、根、花芽、花和果(直径0.50 cm)的提取参照第二章,葡萄和苹果总rna提取用的是改良的ctab法(李志强等, 2008),小分子rna的富集参照第二章用4m的licl。
小分子rna定量与完整性检测, → ploy(a)小分子rna 5 接头的连接 → cdna第一链的合成→mir-5 race和mir-3 race扩增,→mirna172目的片段的回收,→目的片段与载体的连接,→目的片段的转化及克隆鉴定,→荧光定量pcr检测新的mirna。
葡萄mir-5race和mir-3race为了扩增葡萄mirnas的5末端和3末端,我们构建了葡萄根、茎、叶、花和果混合样的小rna mirna文库(图3-2a, fu et al., 2005),扩增5和目标mirna的3端,用类似于类似的cdna末端快速扩增(race)技术的mir-5race和mir-3race 分别扩增mirna的5末端和3末端。
4. 研究创新点
据我们所知,没有系统全面的方法,以确定这些miRNA的精确序列。
我们开发了一个综合性的实验方法,结合了小RNA cDNA文库的构建(Song et al., 2010),miRNA的5RACE和3RACE来扩增miRNA的两个末端以及RACE产物的克隆测序。
5. 研究计划与进展
2016年3月份采样,2016年4-5月份试验2016年5月份毕业论文撰写
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