森林草莓组蛋白乙酰化转移酶基因和去乙酰化酶基因的鉴定和分析开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

1.研究意义1.1 理论意义染色质是由dna、组蛋白、非组蛋白和少量rna组成的复合物。

dna的甲基化修饰和多样性极高的组蛋白修饰（组蛋白上不同氨基酸上发生的甲基化、乙酰化等共价修饰）组成了形态和功能各异的染色质景观。

在真核生物中，基因表达受到染色质结构的调控。

2. 研究的基本内容和问题

1.项目研究的目标、内容和拟解决的关键问题1.1研究目标：本研究运用生物信息学方法，以拟南芥为参考，鉴定出草莓中组蛋白乙酰化和去乙酰化的相关基因；通过相关基因表达分析，初步探究组蛋白修饰在森林草莓生长发育和逆境胁迫中的作用，并构建组蛋白去乙酰化关键基因的载体，以得到相应的转化材料，为以后对森林草莓组蛋白乙酰化修饰的研究提供可靠的依据并奠定基础。

1.2研究内容：首先，以生物信息学为基础，运用blast方法找出森林草莓中含有组蛋白乙酰转移酶和去乙酰化酶关键结构域或motif的氨基酸序列。

其次，与拟南芥、番茄等已测序物种构建进化树，推测森林草莓各组蛋白乙酰转移酶和去乙酰化酶的功能。

3. 研究的方法与方案

技术路线2.3实施方案本课题研究工作分为三个阶段：第一阶段：收集资料，理解实验原理，步骤等第二阶段：实验阶段（1）构建森林草莓与拟南芥、番茄等已测序物种的进化树，作功能预测以及其他方面的分析比较，预测草莓基因组中最主要的乙酰化酶和去乙酰化酶。

（2）运用现有蔷薇科网站上森林草莓的转录组数据和生物软件获得热图，并采用实时荧光定量pcr技术测定一些基因的表达量；（3）对预测出的关键乙酰化酶和去乙酰化酶进行克隆，构建rnai载体，由35s启动子驱动，而后转入农杆菌； (4) 获得相关关键基因的森林草莓转化苗，而后观察森林草莓各性状特征，并记录下相关数据，进行分析对比。

第三阶段：撰写与发表论文设计论文的结构提纲，撰写、修改和投稿。

4. 研究创新点

第一，本项目是运用表观遗传特性来研究对森林草莓生理生化的影响，有一定的创新性。

第二，项目采用生物信息学和分子实验相结合的方法，将预测和实验紧密相结合，在新的测序物种森林草莓中找出组蛋白乙酰转移酶和组蛋白去乙酰化酶。

5. 研究计划与进展

（1）筹划阶段（2016年9月）通过查阅相关文献资料，结合已有的专业知识，并在指导老师指导下，熟练掌握组蛋白乙酰化的定义，实验原理和实验方法。

（2）运用生物信息阶段（2016年10月-11月中旬）构建并分析组蛋白乙酰转移酶和去乙酰化酶的进化树（3）实验阶段（2016年11月下旬-2017年5月）进行热图制作与分析和实时荧光定量pcr实验，并对得到的关键基因进行克隆，转入农杆菌。

且获得相关关键基因的森林草莓转化苗，为后续功能验证做材料准备。