荷花miR156基因家族分子进化与功能分化研究开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

意义:mir156基因家族的进化与功能分化，是系统的对mir156基因家族进行对比预测和研究，由此推断该基因家族的基因可能以不动的方式和速度进化的，并且通过靶基因预测看与转录因子结合情况，分析参与多种胁迫反应情况，国内外研究概况： 国内外研究的mir156主要是在拟南芥中的进化与功能分析，在荷花上的研究较少。

应用前景：本课题可以全面深入研究荷花mirna的作用机制奠定基础也可为全面剖析mirna调控机理提供思路。

预计会在荷花mir156基因功能的研究及其在分子育种中的应用奠定基础。

2. 研究的基本内容和问题

目标：荷花 ，mirna，mir156基因家族内容： 在整个研究过程中，首先是要获得mirna-156基内家族序列，然后对所获得的全部成熟基因进行序列对比，并且在对比的基础上进行系统进化分析，从而利用前体序列构建系统进化树。

最后是对成熟序列的靶基因进行预测，从而推断出靶基因在染色体上的位置及其生物功能。

拟解决的问题：荷花 mir156基因家族的在荷花中的主要成员

3. 研究的方法与方案

研究方法：首先从数据车mirbase中下载全部植物的mirna-156基因家族所有成员的基因前体序列和成熟序列。

通过相应软件对已搜索的植物物种的mirna- 156的成熟及前体序列进行多重序列比对，分析其进化的特征，然后在这个基础上利用软件进行分析分析对成熟序列构建系统进化树。

并通过靶基因预测软件对选的三个物种的靶基因进行预测及分析。

4. 研究创新点

特色：通过研究发现，mirna-156基因家族是植物界目前为止发现的较为庞大的mirna基因家族，但未见到有对此基因家族进行系统分析和研究的报道。

为了了解此基因家族的进化和功能分化情况，特做了此研究。

本文通过系统的对荷花mirna-156家族的功能和分子进化情况的研究，以期对mirna基因家族在植物中的进化、功能和各种生理功能应用奠定基础。

5. 研究计划与进展

研究计划：先独立使用数据库找出植物的mir156基因家族，通过基因组定位与基因倍增模式分析、基因倍增时间估算、分子系统发育树构建、启动子顺式作用元件分析、表达分析、靶基因分析荷花amir156基因家族靶基因预测。

其中遇到的问题多喝老师同学咨询、沟通。

预期进展： 可能遇到的问题是软件不会用，有的靶基因预测没有结果等情况。