白栎SSR–PCR反应体系优化与引物筛选开题报告

1. 研究目的与意义

SSR-PCR反应易受各种因素干扰，探究并建立适用的体系至关重要，本项目旨在通过对白栎样本个体DNA的提取、SSR-PCR反应体系的优化、引物的开发筛选及相关试验数据的分析处理与计算验证，探究白栎基因组DNA的提取方法，寻求适用于白栎SSR--PCR反应体系的条件因素，并筛选出合适的引物。

进一步为该物种遗传多样性等分子方向的研究分析提供理论基础，为指导白栎的遗传改良及育种工作提供参考。

2. 国内外研究现状分析

国外研究进展国外学者lpez-aljorna等采用简单序列重复间反应体系（inter-simple sequence repeat, issr）和ssr构建了欧洲栓皮栎53株优树的指纹图谱与遗传关系，为选择经济价值较高的栓皮栎无性系提供了参考。

lind利用表达序列标签微卫星标记（expressed sequence tag-simple sequence repeat，est-ssr）、ssr标记了同域分布的两种杂交栎树（q. rubra and q.ellipsoidalis），其反应所选用的16对引物来自夏栎（q. robur）（lind et al., 2013）。

yceda在研究了无柄花栎和夏栎的遗传变异的试验中，使用ssr引物ssrqpzag1/5、ssrqpzag36和ssrqpzag104对前者进行标记，引物ssrqrzag96对后者进行标记（yceda et al., 2013）。

3. 研究的基本内容与计划

本研究以江苏、浙江和安徽各一个天然群体为试验材料，每个群体采集30个个体，共计90个个体。

采用改良的 ctab 法提取基因组dna，改变dna模板、dntps、taq酶用量，对pcr 扩增反应体系进行优化。

改变温度和时间等参数，对pcr 扩增程序进行优化。

4. 研究创新点

目前国内对白栎方面的研究主要集中于白栎混交林生态学效应的探究、群落生物多样性调查及其果实中淀粉的提取加工与营养价值含量等，对其遗传多样性、SSR-PCR反应体系等的报道较为少见。

本项目旨在筛选出适合白栎SSR-PCR反应体系的引物及其最适温度，为白栎遗传多样性及分子方向的研究提供理论依据。