水稻穗小RNA调控网络的构建与分析开题报告

1. 研究目的与意义

microrna(mirna)是一类小的非编码rna，它们主要在转录后水平对靶mrna进行切割或抑制mrna的翻译来调控基因的表达。

作为全球主要的粮食作物，水稻产量直接关系着粮食安全。

水稻种子发育、分蘖、光合作用面积和营养物质的运输等都是影响产量的重要因素。

2. 研究内容和预期目标

研究的目标、内容和拟解决的关键问题研究目标：（1） 研究水稻穗的small rna高通量测序数据，挖掘穗中特异表达的小rna分子；（2） 利用降解组数据，分析small rna的靶基因，并建立数据库。

研究内容：（1） 水稻穗的高通量测序原始数据的获得与分析；（2） microrna的表达量定量；（3） non-microrna数据的定量；（4） 差异表达small rna的鉴定与靶基因的预测；（5） 构建水稻穗的特异small rna调控网络。

拟解决的关键问题：small rna在植物的生长发育过程中发挥了非常重要的作用。

3. 研究的方法与步骤

研究方法、技术路线、实验方案及可行性分析研究方法：（1） 小rna的数据来源：小rna数据主要来自于ncbi的geo数据库，下载geo中来自水稻穗的small rna原始测序数据(.fastq)。

（2） 数据初始分析：将不同的测序数据进行整合，去除载体序列和均一化。

对序列的组成进行分析。

4. 参考文献

特色或创新之处small rna在植物的生长发育中具有重要的作用，世界上有很多实验室都进行了水稻等植物的高通量测序工作。

然而这些数据大多都没有被深入的分析和利用，特别是整合不同来源的数据进行分析是今后生物信息学分析的热点（大数据分析）。

本项目的特色和创新之处就在于利用了所有的测序数据，这样分析的结构更有说服力。

5. 计划与进度安排

研究计划及预期进展（1） 鉴定水稻穗的特异表达的small RNA与靶基因；（2） 构建水稻穗特异表达的small RNA调控网络。

（3） 构建小RNA-target数据库（4） 整理研究报告1篇。