分子模拟后处理系统的设计开题报告

1. 研究目的与意义（文献综述）

在科学技术告诉发展的今天，每门科学技术的进步都离不开大量的实验，而处理庞大的实验数据就需要高效的处理软件。。分子动力学（md）研究的是分子的结构和功能，需要一个系统实现分子模拟。分子动力学方法是一种计算机模拟实验方法，是研究凝聚态系统的有力工具。该技术不仅可以得到原子的运动轨迹，还可以观察到原子运动过程中各种微观细节。它是对理论计算和实验的有力补充。广泛应用于材料科学、生物物理和药物设计等。经典md模拟，其系统规模在一般的计算机上也可达到数万个原子，模拟时间为纳秒量级。

现如今，已经有几个优秀的软件实现了分子的可视化和分析计算功能，它们可以展示分子间物理结构，用于分子可视化和分析的计算工具，现已有广泛的应用。

然而，这些研究结果中的分子轨迹文件通常含有大量的动态数据，储存起来需要大量的空间，因此需要合适的可视化工具，来实现显示分子动力学模拟和结构的序列。

2. 研究的基本内容与方案

基本内容描述：

设计出基于windows系统和opengl的分子模拟科学计算的后处理系统，系统要求：

1.三维可视化分子模型，包括不同化合物；

3. 研究计划与安排

（1)2016/1/11—2016/1/22：查阅参考文献，明确选题；

(2)2016/1/23—2016/3/7：进一步阅读文献，并分析和总结；确定技术路线，完成并提交开题报告；

(3)2016/3/8—2016/4/26：需求分析，算法或系统设计，分析、比较或实现等；

4. 参考文献（12篇以上）

[1].andrewdalke,andklausschulten.vmd-visualmoleculardynamics[j].williamhumphrey,journalofmoleculargraphics,,1996.

[2].scalablemoleculardynamicswithnamd.jamesc.phillips,rosemarybraun,weiwang,jamesgumbart,emadtajkhorshid,elizabethvilla,christophechipot,robertd.skeel,laxmikantkale,andklausschulten.journalofcomputationalchemistry,26:1781-1802,2005.