马尾松EST-SSR引物的开发开题报告

1. 研究目的与意义

研究目的：

松属植物的生存环境很广，适应性也非常强，是我国重要的用材树种，可用作建筑、板料、家具、包装、胶合板、造纸材及木纤维工业原料。目前广泛的应用在工业、药物、生态建设等方面。从很多角度看，松属对于我们都是一个十分重要的经济树种。

目前涉及松属植物引物开发的研究还很少见，赵阿风(2005)曾尝试从火炬松、辐射松、欧洲赤松等其它松属植物的ssr引物中进行筛选作为马尾松无性系鉴定的分子标记，应用 8 对 ssr 引物的指纹组合建立了 120 个无性系的 dna 指纹图谱，可以简便有效地区分开全部供试的不同无性系。李炟等(2007)利用马尾松富集文库开发ssr引物，取得了初步成效。但引物数量不足制约了ssr标记的发展。由于松属基因组硕大，目前尚未开展大规模测序，开发松属ssr引物的任务就显得十分艰巨。

本研究将下载现有数据库（ncbi）中所有松属的est序列，并将est序列的处理拼接，在ssr分子标记技术基础上，利用已有的松属est数据库，自行设计开发ssr引物。通过pcr法及垂直电泳法筛选其微卫星序列，这些标记的开发将是对松属植物引物的一大丰富，也为今后松属植物的分子鉴别工作、松属资源的进一步开发利用、物种的基因改良应用等提供理论依据和指导。

2. 国内外研究现状分析

由于est-ssr分子标记在林木遗传育种中有着重要的应用，不同学者在该方面有许多相关研究。目前已被开发的用途有：

（一）遗传连锁图谱的构建：遗传图谱的构建是遗传学研究的重要领域之一，也是研究种质资源、遗传育种及基因定位、克隆的基础。目前，est-ssr标记主要应用于构建大麦、小麦、水稻、黑麦、黑麦草等农作物的遗传图谱。

（二）物种间的通用性和作图比较：研究者检测了杏和葡萄的est-ssr引物各自在蔷薇科和葡萄科内的转移性，分析结果发现亲缘关系越近， 扩增条带质量就越好， 多态性也越高。此外，葡萄est-ssr引物在葡萄科内不同种属间的转移效率都较高， 而杏est-ssr引物的转移性仅适合于李亚属内近缘种。另有研究者在桃的中果皮cdna文库序列中开发了21对est-ssr 引物，其中18 对引物在22 个桃基因型中均能有效扩增出条带，同时还发现这18对引物在李属的另6个其它植物中均能扩增出预期条带，说明est-ssr在李属近缘种植物之间具有高效的通用性。

3. 研究的基本内容与计划

研究内容

1：从数据库（ncbi）中下载松属est序列

2：数据处理

4. 研究创新点

本实验利用最近几年发展形成的生物信息学处理方法和手段，对数据库中已有的松属EST序列进行分析，对其进行序列处理和拼接，用这种信息化的手段进行生物学的研究是本实验的特色与创新之处。

我们旨在用这种方法建立一个完善的松属EST序列拼接数据库，设计出可用的EST-SSR引物，为今后松属植物的分子鉴别工作、松属资源的进一步开发利用、物种的基因改良等提供帮助。