杨树SSR引物在柳树中的应用开题报告

1. 研究目的与意义

研究目的：

简单序列重复(simplesequencerepeats,ssr)又称微卫星(microsatellite），广泛分布于真核生物基因组的编码区和非编码区。由于ssr具有多态性丰富、共显性遗传、技术简单、重现性好、特异性强等特点，已被广泛用于遗传图谱绘制、重要农艺性状的基因定位、进化和遗传多样性研究及品种鉴定等诸多方面。目前主要有3种获得ssr引物的途径：一是从公共的序列数据库(genbank和embl)和有关文献中查询；二是从基因组文库中筛选；三是从近缘物种中获得已设计好的引物对。由于现有数据库的ssr引物序列不能代表整个基因组微卫星的分布情况，且数据库中的dna序列也仅局限于一些模式植物，此外通过文库筛选等方法开发引物费时费力，因此基于物种间dna序列的同源性，利用ssr侧翼序列的保守性，从某物种中筛选ssr引物用于其近缘种属的扩增，是一种高效、低成本获取标记的途径。

杨树est-ssr标记在柳树中具较好的通用性，而基因组ssr具较好的多态性。杨属为柳属亲缘关系最近的属，已有大量的ssr标记被应用。基于ssr标记在近缘种、属间的通

2. 国内外研究现状分析

国际上ssr引物通用性的发展状况：

levinson(1987)等研究认为ssr的来源是由于dna复制时两条链退火分子滑移(molecularslippage），导致后来在dna复制、修复及重组时产生错误，插入或删除了一个或几个重复单元，使得ssr序列变长或缩短。由于在这个过程中，复制单元改变的数量是高度可变的，使得ssr显示出丰富的限制性片段长度多态性。akkaya等和morgante在研究中发现:每50kb就可以找到1个二核苷酸或三核苷酸的微卫星dna。虽然基因组中的三核苷酸或四核苷酸微卫星dna位点要少一些，但仍可以达到数千个，且每个位点都有许多等位形式，一般可达到2~10个。

传统基因组来源的ssr在物种之间的通用性很差，而作为基因的一部分，est-ssr侧翼序列在物种之间高度保守，因此est-ssr引物可在物种之间通用。ssr引物在近缘物种间能够通用，最初在动物中得到验证(schfottereretal，1991;fitzsimmonsetal，1995;ricoetal，1996;glennetal，1996），后来在植物中也发现了类似的情况。tanksley（1993）发现了在栽培水稻亚种及相关的野生种存在ssr引物序列的保守性，kijas等（1995）以桔柑及相关种为材料研究了两个ssr引物的保守性，发现这两个引物在不同的属间可以转移扩增。dayanandan等（1997）将热带雨林树种pithecellobiumelegans基因组中开发出来的6对ssr引物用于分析豆科另外的13个物种，以研究ssr的保守性和多态性，结果发现ssr引物的保守性只存在于同科的不同属间，这个结果类似于其它研究者对植物群体的观察。rod等（1998）以野生同属植物和其它植物为实验材料，检测31个大豆ssr基因座的转移扩增性，发现属内有65%的引物对可以成功扩增出产物，85%的在g.clandestina内具有多态性；而属外扩增只有3%-13%能扩增出条带，具有多态性的引物对只有一个。claire等（2002）用葡萄的9对ssr引物对同科的25个种（来自vitaceae科5个不同的属）进行扩增，发现在vitaceae科内成功扩增率达51.1%。

3. 研究的基本内容与计划

1.从杨树中选择500对ssr引物，用柳树dna进行筛选，选出有扩增产物的引物；

2.随机挑选6个柳树dna样品为模板，对初步筛选的引物进行扩增、筛选，选出具有多态性的引物。

3.将筛选出具有多态性的引物分别扩增杨树5个种和柳树5个种，选出通用性引物。

4. 研究创新点

无