1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)
1 国内外研究概况及研究意义
1.1 背景和国内外研究概况
1.1.1 microrna(mirna)简介
2. 研究的基本内容和问题
2 研究的目标、内容和拟解决的关键问题
2.1 研究目标
以人的细胞系为研究对象,运用生物信息学和统计学的方法,研究分析在基因组水平上转录活性和mirna表达量之间的相关性,藉此揭示新的基因调控机理。
3. 研究的方法与方案
3 研究方法、技术路线、实验方案及可行性分析
3.1 研究方法和实验方案
拟采取的研究方案,即是在ncbi(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)及encode(https://www.encodeproject.org/)网站上下载人的细胞系的mirna-seq、mrna-seq和chip-seq的数据集,然后利用数据分析网页平台galaxy(https://usegalaxy.org/)计算数据初步整理与合并,并用spss等数据处理软件分析转录活性和mirna表达量的相关性。最后,结合研究人的细胞系中的mirna表达,揭示调控机制的保守性、重要性。具体如下:
4. 研究创新点
基因组所有mirnas的表达量千差万别,是什么原因导致了该结果?鉴于转录是研究最多又是mirna形成的第一步,指导老师及其团队曾分析过在基因组水平上转录活性和mirna表达量之间的关系,发现在人的k562细胞系中相关系数仅为0.3,而在另一细胞系,hela,没有显著的相关性。
前人一直只是假设转录为mirna表达的决定性因素,此研究成果始料未及,该项目为指导老师的子课题,会更加深入和系统地研究在基因组水平上调控人的细胞系mirna表达的机制,系统考察转录对mirna差异性表达的影响,以揭示调控机制的保守性及重要性。
本项目将极大地巩固和发展现有成果,很大程度上拟补目前人类知识的明显空白。
5. 研究计划与进展
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