1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)
1.研究意义1.1背景1.1.1 microrna(mirna)简介 microrna是近年来发现的与基因表达调控相关的一类非编码小分子单链rna,长度约21-23个碱基对构成,通过与靶mrna碱基对特异结合,引起靶mrna降解或翻译抑制,调控基因转录后的表达[1]。
目前人类mirna数据库中已有721个之多,大约占人类基因总数的2-3%,约调控30%的编码蛋白基因,每个mirna约调控100个靶mrna[2]。
mirna调控各种各样的生理过程;mirna表达量的高低、变化可以反映生物个体、组织、细胞的表型,此信息还可能用于人类疾病(如癌症)的诊断、预后及治疗[3-6]。
2. 研究的基本内容和问题
1.研究目标研究在基因组水平上调控人组织和果蝇mirna表达的机制,分析转录过程及相关转录因子对体内mirna差异性表达的影响,藉此揭示新的基因调控机理。
2.研究内容运用生物信息学、统计学手段鉴定dna转录对人组织和果蝇的基因组范围内mirna表达的作用。
3.拟解决的关键问题在基因组层次上,基因转录对mirna差异性表达到底起多大的作用?
3. 研究的方法与方案
1.研究方法在基因组范围内,分析转录过程与底物之间的相互作用,计算和mirna表达量的相关性。
结合研究人组织和果蝇中的mirna表达,揭示调控机制的保守性、重要性。
本项目所在实验室早先的研究结果表明,drosha的相对特异性与mirna表达水平呈约0.5的正相关(理论上∑相关性2=1),说明这其中还存在着其它机理起作用。
4. 研究创新点
本项目将结合人组织和模式生物果蝇,全面分析在基因组层次上典型mirna的转录对mirna表达的影响。
本项目是我们长期以来研究mirna工作的一个自然延伸,关键是对相同培养条件、发育阶段的mirna、rna-seq和/或pol2 chip-seq数据正确地归类。
本课题仅考虑人组织和果蝇,chip-seq只考虑pol2,另外,同时必须有mirna的数据。
5. 研究计划与进展
2016.9-2017.1:前期学习、准备工作2017.1-2017.3:下载、整理、格式化数据2017.3-2017.5:相关性分析,整理结果
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