水稻响应镉胁迫相关转座子鉴定开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

1本课题研究意义1．1水稻转座子的功能研究转座子是基因组的重要组成部分，越来越多的转座子在动植物、真菌、细菌等的不同物种中被鉴定出来，在基因组较大（>2 000 mb）的被子植物中，转座子可占基因组的50%以上[1]，在基因组较小的生物如水稻（430 mb）中，转座子占的比例约为35%[2]。

80年代初期，随着植物中第一个转座子的成功克隆，转座子研究进入了分子遗传学的领域。

随着新一代测序技术和生物信息技术的发展，转座子的种类、数量和功能被大尺度地发掘，关于转座子起源、特性、调控等方面的研究取得了颇多进展,人们对转座子的认识越来越深入。

2. 研究的基本内容和问题

研究的目标、内容和拟解决的关键问题1.1 研究目标 课题目标是鉴定出水稻响应镉胁迫的相关转座子。

对于当事人来说，本科生毕业设计的目标是培养科研创新思维，养成良好的科研习惯，掌握实验操作、文献查找与阅读、数据分析等能力，发掘科研兴趣，加强协作意识。

1.2 研究内容研究内容是采用生物信息学方法，通过比较镉胁迫和无该胁迫条件下，水稻转录组中基因表达的差异，鉴定出水稻中对此有所响应的转座子，及受这些转座子所调控的相关基因。

3. 研究的方法与方案

研究方法、技术路线、实验方案及可行性分析2.1 研究方法本课题采用生物信息学方法，研究转座子在重金属镉胁迫下对基因组的影响方式。

研究思路是通过比较镉胁迫和无该胁迫条件下，水稻转录组中基因表达的差异，鉴定出水稻中对此有所响应的转座子，及可能受这些转座子所调控的相关基因。

2.2技术路线2.3 实验方案2.3.1 材料培养与处理2.3.1.1 实验材料日本晴野生型水稻2.3.1.2 水稻培养水培：挑选颗粒饱满的健康水稻种子，然后对种子进行消毒（75% 酒精1min，10% naclo 10min，无菌水漂洗干净），无菌水浸泡种子，并置于30℃恒温黑暗培养箱中。

4. 研究创新点

本课题采用生物信息学方法，研究转座子在环境胁迫下对基因组的影响方式。

该研究方法新颖、思路明晰，可以在转录组水平上大尺度地发掘与水稻响应镉胁迫相关的转座子和功能基因，有利于加深人们对转座子在调节基因功能方面的了解，同时还能快速筛选出目标基因以用于后续生物学基础功能的研究。

5. 研究计划与进展

本课题于2016年9月-2017年1月间开展，各时间段计划如下：2016年9月：水稻培养与处理，样品RNA提取2016年10月：样品测序2016年11-12月：数据分析2017年1月：课题整理与汇报