皮肤系统癌基因差异表达生物信息学分析开题报告

全文总字数：4763字

1. 研究目的与意义（文献综述）

皮肤癌是常见的恶性肿瘤，大致分为为两类，非黑色素皮肤癌（nmsc）和皮肤恶性黑色素瘤( skcm) 。前者中常见的有皮肤鳞状细胞癌( scc) 、皮肤基底细胞癌( bcc)。这两种类型的皮肤癌发病率大大超过黑色素瘤，但是大多数患者容易治疗，长期预后更好。bcc 和 scc均来源于表皮角质形成细胞，bcc恶性程度低，局部侵袭、组织破坏、复发和转移的能力有限。而scc的可变转移率为0.1%～9.9%，占nmsc死亡人数的75%。 skcm 是皮肤癌最致命的形式，由表皮黑色素细胞产生，是一种难治疗性和倾向转移的恶性肿瘤。引起皮肤癌产生的因素有日常曝晒和紫外线照射、化学致癌物质长期刺激、辐射、慢性皮肤炎症和免疫抑制等。全球每年大约有200~300万例皮肤癌患者被确诊。皮肤癌有着复杂的发病机理，因此目前的主要研究是寻找皮肤癌与正常皮肤之间的差异表达基因、探索其潜在机制及研究新的治疗方案。

目前的研究中指出，bcc发病机制主要涉及几种肿瘤抑制基因和原癌基因，包括tp53肿瘤抑制因子、ras原癌基因家族的成员，以及hedgehog(hh)途径的跨膜受体蛋白(ptch1)和g蛋白偶联受体样蛋白(smo)；p53及p16的高表达可能在鲍温病的发生中起重要作用, 且p53的高表达可能在皮肤鳞状细胞癌的发生、发展及浸润中同样发挥着重要作用, p16的低表达可能对皮肤鳞状细胞癌的进展有重要意义；信号传导途径如丝裂原活化蛋白激酶 (mapk) 、磷酸肌醇3激酶 (pi3k) 和wnt/β-连环蛋白信号通路 (wnt/β-catenin pathway) 等的异常激活, 可能是诱导黑色素瘤侵袭和转移的重要因素。mapk信号通路在黑素瘤的发生、发展中起至关重要的作用, 已成为临床上治疗黑色素瘤的重要靶点。tgf-β因子在皮肤癌发生过程中起到多种作用：tgf-βr2缺陷增强scc起始和进展，tgf-β1能促进bcc的发生和发展；tgf-β能有力抑制黑色素瘤细胞迁移和侵袭。目前的皮肤癌治疗手段包括靶向治疗、免疫治疗、联合治疗、mirna、toll样受体及纳米技术等。

生物信息学方法近年来在癌症研究领域得到了大量的应用。基因芯片作为一种可靠技术可以快速方便的检测生物样本中的差异表达基因，大量的基因芯片数据被储存在公共数据库中。通过将不同的数据集整合起来，利用生物信息学在线工具进行分析可以获得大量有价值的线索。这些数据可以帮助我们进一步研究和探索疾病的潜在机制。

2. 研究的基本内容与方案

基本内容：

1. 通过使用geo数据库查找皮肤癌组织样本数据集；

2. 从查找到的数据集获得皮肤癌组织的差异表达基因（degs）；

3. 研究计划与安排

第1周：了解论文题目，认识所需完成的主要内容和任务；搜集相关学术期刊、论文、文稿、专利、教材等资料，阅读后进行总结，对论题形成一个初步的系统性的认识。

第2-3 周：完成毕业论文开题报告，确定实验技术路线，确定具体的实验方案和步骤。

第4-8周：收集相关基因信息数据，进行在线分析，鉴定关键基因和通路。

4. 参考文献（12篇以上）

1. vishlaghi neda,lisse thomas s. exploring vitamin d signalling withinskin cancer.[j]. clinical endocrinology,2020,92(4).

2. visch marjolein birgitte m b,kreike bas b,gerritsen marie-jeannepieternel m j p. long-term experience with radiotherapy for the treatment ofnon-melanoma skin cancer.[j]. the journal of dermatologicaltreatment,2020,31(3).

3.唐洪波,梁俊琴.紫外线致非黑色素瘤皮肤癌的作用机制研究进展[j].肿瘤预防与治疗,2019,32(10):940-944.