杉木SSR引物开发开题报告

1. 研究目的与意义

遗传标记是作物遗传育种研究的重要工具之一。

随着分子生物学的发展，遗传标记也由过去的形态标记、同工酶标一记，发展成为现在基于不同技术和原理的多种dna水平上的分子标记。

在众多的dna分子标记中，ssr标记或者微卫星标记因数量丰富、多态性高、重复性好、在基因组上分布均匀，以及呈共显性遗传等特点而被广泛地应用于种质遗传多样性分析、基因标记、遗传图谱构建、比较作图等研究。

2. 国内外研究现状分析

在林木的基因组研究中，杨树由于其基因组较小(约为500mbp )而成为阔叶树种的模式植物。目前美国能源部已经开始实施杨树全基因组计划，序列拼接的覆盖度为全基因组的7.5倍，并计划2005年完成杨树序列框架图(http://genome.jgi-psf.org)。尹佟明通过对杨树ssr的研究表明，外显子ssr的成功扩展率要显著高于内含子ssr的成功扩展率。

yoshinari moriguchi等对来自于日本柳杉55530条ests开展了研究，从中设计出219对ssr引物，其中176对成功扩增出产物，有 27对表现出基因位点多态性。但其平均pic（0.40）低于来自于基因组ssr引物的平均pic（0.67，0.62）。

在杉木属植物上，洑香香等在利用zap express cdna试剂盒构建杉木茎段皮层cdna文库，随机测序共获得1119条有效序列。并利用sequencher 2.0 demo软件对est进行聚类分析与拼接，共获得354个非重复序列(unigenes)，其中包括129个重叠群(contigs)(占36.44％)和225个独立ests(singletons)(占63.56％)。

3. 研究的基本内容与计划

本研究以NCBI上的杉木EST序列为材料，在linux系统上运用p e r l语言进行拼接，再利用SSRIT进行SSR位点的搜索。对存在SSR位点的序列利用Primer软件设计引物序列。所设计的引物对8个随机杉木家系DNA进行PCR扩增，扩增产物经PAGE凝胶电泳检测多态性。

4. 研究创新点

虽然EST-SSR标记引物的开发在许多植物中的进行过研究，但在杉科植物上鲜有报道。原因主要在于杉科植物的基因组学研究较不充分。本实验通过较少量的杉木EST序列，对EST-SSR标记引物进行开发。以期摸索出应用于基因组学研究较不充分物种的EST-SSR标记引物开发较为有效的方法和途径。