松树EST资源的SSR信息分析开题报告

1. 研究目的与意义

松树是重要的用材树种，在国内外均引起了很大的重视。近几年来，对松树cDNA的研究越来越多，例如国外对火炬松cDNA文库有过大量的研究。这些研究结果直接导致了松树EST数据的急剧增加。到目前为止，NCBI网站中的dbEST数据库中关于松树EST序列有629815条，其中火炬松占了一半，为328628条。这些丰富的EST数据资源均可从网上免费获取。

2. 国内外研究现状分析

目前，EST中SSR信息分析已在农作物中广泛应用，在水稻、甘蔗、大麦、葡萄、苜蓿和小麦中已有报道；而对于木本植物，在杏、桃、猕猴桃、云杉、火炬松、柑橘、咖啡树、桉树、茶树、杨树、白桦、鹅掌楸和橡胶树等物种中也已有报道。如Xu等（2004）利用扁桃（Amygdalus communis L.）种质的1057条EST设计了26个SSR引物，通过扩增获得了11个SSR标记，这些SSR标记被用于研究扁桃种质的遗传多样性，并发现来源于基因组的SSR和来源于EST的SSR在每个位点上检测到的等位基因的数目有很大区别。Scott等（2000）分析5000条葡萄（Vitis spp.）EST得到124个微卫星DNA,从中设计16个SSR引物，通过扩增获得10个SSR标记，检测了他们的多态性和可转移性，并与来源于基因组的SSR进行了比较。Decroocp等（2003）从杏（Prunus armeniaca L.）和葡萄的EST中得到了一些SSR，并研究了来源于EST的SSR在葡萄科（Vitaceae）和蔷薇科（Rosaceae）之间转移的可能性。胥猛和李火根（2008）用9531条北美鹅掌楸（Liriodendron tulipifera）EST序列开发得到66对表现多态性的EST-SSR引物，其中85%在中国马褂木（Liriodendron chinense）中有扩增，54%在玉兰（Magnolia denudata）中有扩增，表现北美鹅掌楸EST-SSR引物在中国马褂木以及玉兰物种之间具有转移性。

刘公秉（2009）从松树359521条EST中检索到2315个SSR，设计出135 对备选引物，最终有51 对引物在马尾松中得到扩增，其中39 对有多态性。李淑娴（2010）从桉树10000条EST序列进行分析, 在其中的1499条序列上共发现1775个微卫星重复序列。

3. 研究的基本内容与计划

研究内容：本文从从松属相同或相近树种的est序列中开发ssr标记，筛选适合马尾松的具有多态性的ssr标记，为以后构建马尾松遗传连锁图谱。

研究计划：1. 2010.12-2011.2 搜索est 序列，登陆ncbi 的dbest 数据库，以pinus 为关键词搜索est 序列。获得所要的est序列。

2. 2011.2-2011.4 est 序列前处理。采用phrap软件去载体、去冗余序列。用ssrit软件检索ssr 位点，并进行信息统计分析、设计引物。

4. 研究创新点

松树est 数据进行ssr 信息分析，为马尾松est-ssr引物开发提供了简单、经济的方法。

随着松树est序列的快速增长,还可以进一步开发出更多适合马尾松的ssr 标记。