microRNA调控的胃癌相关信号通路分析开题报告

 2022-04-23 18:11:57

1. 研究目的与意义

胃癌是人类最为常见的消化道癌症,其发病率在所有恶性肿瘤中位居第四,死亡率高居第三。然而,胃癌的发病机制目前仍不明确。胃癌可能的发病机制是由于病菌感染引起慢性浅表性胃炎,在环境因素和遗传因素的协同作用下,部分个体发生胃粘膜萎缩和肠化。胃粘膜萎缩导致胃内微环境改变,胃酸分泌减少,胃内ph 升高使胃内细菌过度繁殖,细菌将食物中摄入的硝酸盐还原成亚硝酸盐,后者与食物中的二级胺结合,生成n-亚硝基化合物。亚硝基化合物是致癌物,可损伤胃粘膜上皮细胞dna ,诱发基因突变。此外某些病菌的感染可引起胃粘膜上皮细胞增殖和凋亡水平失衡,炎症产生的氧自由基也可损伤细胞dna ,诱发基因突变。在这些因素的长期作用下,导致某些癌基因激活、抑癌基因失活和dna 错配修复基因突变。这些分子改变事件的逐步累积,使细胞异型性(异型增生)不断增加,最终发生胃癌。

非编码rna(ncrna)在癌症发生发展中扮演的角色已在过去的十年中得到广泛研究。其中micrornas(mirnas)是一类非编码的rna分子,为一类内生的、长度约20-24个核苷酸的小rna,是具有发夹结构的约70-90个碱基大小的单链rna前体经过dicer酶加工后生成。每个microrna可以调控多个靶基因,而多个microrna也可以共同调节同一个基因,这就形成了复杂的精细调控网络。多个证据表明,mircrona在许多癌症的形成中起着关键的作用。已有文献报道microrna通过各种不同的机制参与了胃癌的生长、浸润、转移以及胃癌微环境的建立。

目前,针对胃癌常见诊断方法包括纤维内窥镜检查、x线钡餐检查、b超检查、免疫学检查(cea或gca)、ct检查。临床针对胃癌的治疗方法包括手术治疗、化学治疗、中药治疗、免疫疗法、术中放射治疗和胃癌单克隆抗体疗法等。然而,胃癌的总体治疗效果仍然很差。目前胃癌的诊断标记诊断灵敏性相对较低,特异性也不理想,因此,临床上迫切需要找到更敏感的新型标志物。最近,microrna的研究已从癌症的基本分子的研究转移到临床应用领域。近来多项研究结果证明了micrornas作为疾病分子生物标志物的潜力。microrna的特征性表达谱可用于疾病的诊断、预后、药物反应预测、肿瘤分型等领域。此外,microrna还可以提供肿瘤的治疗靶点。

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2. 研究内容和预期目标

研究内容:

在本课题的研究中,我们将以胃癌microrna表达谱数据及其配对mrna表达谱为研究对象,寻找癌症样本中差异表达的microrna分子,并利用mrna表达谱对microrna候选标记物分子进一步优化,并对其进行诊断力评价。进一步将microrna标记物分子调控的靶基因映射到分子通路,并利用cytoscape构建microrna-mrna分子调控网络,寻找胃癌中microrna调控的模块。

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3. 研究的方法与步骤

具体研究内容如下:

(一)根据论文题目,查阅相关文献。

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4. 参考文献

[1] xu, l., d. geman, and r.l. winslow, large-scale integration of cancer microarray data identifies a robust common cancer signature. bmc bioinformatics, 2007. 8: p. 275.

[2] cahan, p., et al., meta-analysis of microarray results: challenges, opportunities, and recommendations for standardization. gene, 2007. 401(1-2): p. 12-8.

[3] rhodes, d.r., et al., large-scale meta-analysis of cancer microarray data identifies common transcriptional profiles of neoplastic transformation and progression. proc natl acad sci u s a, 2004. 101(25): p. 9309-14.

[4] fundel, k., et al., normalization strategies for mrna expression data in cartilage research. osteoarthritis cartilage, 2008. 16(8): p. 947-55.

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5. 计划与进度安排

本论文的各阶段安排为:

1、2022-03-1~2022-03-09 接受任务,按照指导教师要求查阅资料,撰写开题报告。

2、2022-03-10~2022-03-23 进行数据收集,熟悉相关程序软件,数据的预处理等。

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