生物合成基因簇靶向元件的文本解析系统开发开题报告

 2021-11-03 22:45:44

1. 研究目的与意义(文献综述包含参考文献)

1、天然产物天然产物一直是生物学家和药理学家创新灵感的来源,它被认为是大自然赠与人类的礼物,也是最重要的药物来源[1]。

从微生物中分离出的如青霉素(penicillin)、阿霉素(doxorubicin)等药物分子在人类历史上起了重大的作用。

根据统计[2],目前临床上使用的60%的抗癌药物和70%的抗生素是天然产物或者基于天然产物研发的药物。

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2. 研究的基本内容、问题解决措施及方案

1、拟解决问题:在测序技术以及基因簇研究快速进步的今天,大量的基因簇相关数据散落在各处。

本课题拟采用文本挖掘技术,挖掘基因簇相关的文献中基因簇元件与天然产物的联系,并尝试用机器学习算法对挖掘的结果进行学习处理,用于探究新天然产物。

2、研究手段首先列表拟打算使用mibig中已注释的约2000条数据的参考文献,在pubmed中爬取其相关的文献摘要作为数据集,同时搜集天然产物数据库、基因簇数据库、调控元件数据库信息,将其结构化处理后导入sql数据库中作为训练集供下一步使用。

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