聚酮类天然产物的抗性基因库构建及其应用研究开题报告

1. 研究目的与意义（文献综述包含参考文献）

况下还能够发生细胞壁的生物合成。

最近对结核杆菌野生型和耐喹诺酮gyra蛋白的晶体结构分析表明，同一基因的反复突变可以增加耐药性水平。

这些氨基酸序列的变化改变了蛋白质结构，足以阻碍抗生素的结合和作用。

2. 研究的基本内容、问题解决措施及方案

实验内容：1. 使用vmd等结构可视化工具分析抗性作用机制。

2. 构建(聚酮类相关)抗性基因blast数据库3. 分析若干海洋微生物基因组（比如marref数据库），对其中的特定基因 类型根据抗性基因类型进行表征、评估数据库建立步骤：1. mibig数据库中筛选聚酮类化合物相关的数据2. 去除数据库中的高度相似和冗余的序列3. 以获得的数据库与card数据库进行比对获得注释4. 应用blast建库程序（makblastdb）建成聚酮类天然产物抗性基因数据库推定新的酮类化合物抗性基因可以利用数据库内已知的抗性基因，采用blast方法对初始蛋白序列进行多序列比对；以比对完成的序列构建该基因的蛋白保守位点隐马尔可夫模型，搜索genbank等蛋白数据库，得到全部具有该抗性基因蛋白保守位点的蛋白序列；即通过已知序列的蛋白保守位点来搜索所有潜在的抗性基因对应的蛋白序列。

数据库中挖掘聚酮类化合物抗性基因，发现特定的bgcs抗生素生产细菌的基因组中通常存在编码自我抵抗机制的基因，通过几种抗性策略来避免自我毒性，包括化学修饰、药物靶点修饰等。