基于基因表达芯片的肾透明细胞癌相关信号通路分析开题报告

1. 研究目的与意义

肾细胞癌（rcc）又称肾腺癌，占肾恶性肿瘤的80%～90%，是起源于肾实质泌尿小管上皮系统的恶性肿瘤，而此上皮系统是用于过滤血液和排除废物的主要场所。肾癌发病率有明显的国际差异，欧美国家明显高于亚洲国家，日本印度等国的发病率较低。城市发病率高于农村。平均每75个人中会有一个人会患肾细胞癌。肾癌的发病原因至今尚不明确，流行病学家曾进行过大量的调查，发现以下因素可能与肾癌发病有关：吸烟、肥胖、职业（与镉接触的工人，钢铁工人和石油工业工人等）、高血压、糖尿病、输血、放射、相关药物、食物等。肾透明细胞癌（ccrcc）是肾癌最常见的一种类型，约占肾癌的85%。

基因芯片(genechip)（又称dna芯片、生物芯片）是利用了核酸分子杂交的原理，利用靶基因的核酸序列与作为探针的核苷酸序列互补配对，对于其定性和定量的分析可以通过信号检测。基因芯片是生物芯片最成功的形式，按照载体上dna的不同，基因芯片可以分为寡核苷酸芯片以及cdna芯片这两种形式，而根据基因芯片的用途来分则有表达谱芯片、诊断芯片、测序芯片和指纹图谱芯片等形式。

综上所述，本论文拟采用r语言软件分析肾透明细胞癌相关的基因芯片数据以获得相关特定信号通路，从而对肾透明细胞癌的治疗方法提供一定的理论依据。

2. 研究内容和预期目标

（一）主要研究内容：

本课题研究以肾透明细胞癌表达谱数据为研究对象，对基因表达芯片数据进行收集以及预处理；然后利用不同统计方法寻找对比正常样本和癌症样本的差异表达基因；择优采用统计算法选出肾透明细胞癌差异表达基因；将差异表达基因映射到相应信号通路，对其功能模块及通路水平进行分析；对肾透明细胞癌相关通路的文献进行检索和相关机制讨论分析。

（二）预期目标：

3. 研究的方法与步骤

(一)根据论文题目，查阅相关文献。

包括正式出版的中外学术期刊和专著。从中选择10篇以上重点参考文献认真阅读，综合分析，写出文献综述，概括出最新研究进展与存在问题。在上述基础上，完成论文开题报告。

(二)实验研究前期准备工作

4. 参考文献

[1] xu, l., d. geman, and r.l. winslow, large-scale

integration ofcancer microarray data identifies a

robustcommoncancer signature. bmc bioinformatics,

5. 计划与进度安排

1、2022-03-1～2022-03-09 接受任务，按照指导教师要求查阅资料，撰写开题报告

2、2022-03-10～2022-03-23 进行数据收集，熟悉相关程序软件，数据的的预处理等。

3、2022-03-24～2022-04-06 不同统计方法寻找差异基因的效果比较；择优采用统计算法选出肾透明细胞癌差异表达基因；