基于ABA受体结构的ABA功能类似物的筛选与设计开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

aba也就是脱落酸，是一种倍半萜烯类植物素^[1]，可调节植物的生长发育，例如胚胎成熟、种子发育、休眠、发芽、气孔调节和激活胁迫应答基因^[2，3]。但由于aba生产成本过高和结构不稳定的因素制约了其在农业生产中的作用。本课题用基于分子对接的虚拟筛选寻找aba功能类似物，做一些尝试，以求寻找低成本，高稳定性的类aba化合物，能够以此为基础研发一些农药等，提高农业生产力。

作为现代计算机技术与传统制药领域的优秀结合，虚拟筛选技术近年来引起了研究机构和制药公司的高度重视。目前，已经发现有机小分子总数已超过2000万个，这些发现不但加深了人们对药物的理解，同时，也根据这些数据衍生出了许多不同种类的数据库。但是想要直接利用如此庞大的数据量进行传统的新药物研发显然是不切实际的，而利用虚拟筛选可能为解决这个问题提供了有效途径。随着结构生物学的发展，对于特定靶标结构的活性化合物信息的获取将会越来越容易，这让所要的研究的目标大大减少，从而提高筛选化合物的速率，降低新药发现的周期和经费。分子对接方法就是依据受体结构对药物进行分析的主要手段之一^[4]。

2. 研究的基本内容和问题

研究的目标、内容：本课题主要是利用基于分子对接的虚拟筛选从小分子数据库中找到与aba功能类似的化合物。具体研究内容包括：（1）小分子数据库的获取及处理；（2）aba受体蛋白晶体结构的获得及处理；（3）基于分子对接的虚拟筛选；（4）聚类分析和人工挑选。

拟解决的关键问题：

3. 研究的方法与方案

本课题采用计算生物学基于分子对接的虚拟筛选的技术。

1.1 小分子数据库的获取

4. 研究创新点

将计算机技术与生物技术相结合，应用计算机辅助药物分子设计的技术和方法，基于靶标结构从成千上万的分子中筛选出结构新颖的ABA潜在功能类似化合物。

5. 研究计划与进展

4月20日至4月25日，从PDB数据库中寻找到靶标蛋白，并从ZINC数据库下载待筛选的小分子数据库文件。

4月25日至4月30日，熟悉相关软件操作，学习并使用薛定谔等软件实现分子对接

5月1日至5月14日，通过薛定谔软件开展基于分子对接的虚拟筛选工作，从小分子数据库中筛选具有潜在ABA类似活性的化合物

5月15日至5月22日，整理并分析实验数据，撰写毕业论文，准备论文答辩