1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)
荷花是重要的观赏花卉之一。
与拟南芥和玉米相比,荷花中基因家族的研究虽然已经有所报道,可是相对滞后。
2013年,荷花基因组草图先后被测序完成。
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2. 研究的基本内容和问题
在本研究中,利用生物信息学资源和工具,对荷花中的sbp-box基因家族进行了比较分析。
利用多个物种的基因编码的蛋白质序列构建了系统发生树。
在系统发生树的末端节点上鉴定出对旁系同源基因。
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3. 研究的方法与方案
在tair数据库中获得拟南芥中已知的sbp-box家族基因编码的蛋白质序列。
利用pfam软件预测这些蛋白质中包含的sbp结构域。
再利用这些sbp结构域区段序列作为检索序列,使用blastp搜索tigr拟南芥注释数据库和tigr水稻基因组注释数据库。
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4. 研究创新点
在本研究中,利用生物信息学资源和工具,对荷花中的SBP-BOX基因家族进行了比较分析。
利用多个物种的基因编码的蛋白质序列构建了系统发生树
5. 研究计划与进展
以荷花为实验材料,深入研究荷花SBP基因家族,并构建关键SBP基因的过表达载体,为后续研究SBP基因家族功能提供基础。
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