长期混合施用牛粪、化肥和秸秆对土壤细菌群落结构的影响的16s rRNA基因测序分析开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

微生物是土壤最活跃的组成。

从定植于土壤母质的蓝绿藻开始，到土壤肥力的形成，土壤微生物参与了土壤发生、发展、发育的全过程，推动了地球表层系统关键生态过程，维系了陆地生态系统物质与能量的良性循环，被称为地球元素生物地球化学循环的引擎[1]。

土壤中最多可达99的微生物尚未被培养，其功能尚未可知。

2. 研究的基本内容和问题

1. 完成对测序原始数据的拼接、过滤，得到有效数据。

2. 对所得数据进行out聚类分析。

3. 对土壤样品中的微生物建立系统进化分类。

3. 研究的方法与方案

研究方法：1. 将纯化的土壤微生物dna样品送往生物公司完成初步的测序工作。

2. 依靠qiime完成数据处理、数据挖掘流程。

3. 依靠biopython、matplotlib、netwkx和pygraphviz等python模块完成数据的可视化工作。

4. 研究创新点

1. 国内目前有关于土壤微生物16s rrna基因的高通量测序是当前比较流行的鉴定土壤微生物的有效方法。

2. python易学，语法明晰，拥有丰富的第三方库并且能很容易地调用以c，c 或者fortran编写的模块从而实现扩展。

对生物信息学初学者较为友好。

5. 研究计划与进展

2017.2-3 完成对于原始数据的处理得到有效数据。

2017.3-4 完成OTU聚类及过滤2017.4-5 完成相关的统计生态学分析2017.5-6 完成毕业论文的撰写以及答辩PPT的制作