植物叶绿体基因组的高通量数据分析开题报告

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1. 研究目的与意义

本实验期望对叶绿体基因组的高通量测序结果的分析，了解叶绿体基因组的结构和序列特征，理解高通量序列的特点，并掌握高通量测序结果的一般分析方法，基本了解数据和DNA分子间对应关系。

叶绿体是细胞内具有自主遗传信息的重要细胞器，了解叶绿体基因组及其测序结果的分析，对全面了解叶绿体基因组和其在生物进化中的作用有着重要的作用。除此之外，比核转化具有优势的叶绿体转化技术在生物试剂生产，遗传改良等方面显现出巨大的潜力。

2. 国内外研究现状分析

随着高通量测序技术的迅猛发展，科学界开始越来越多地采用该技术解决生物学问题。比如，对无参考基因组序列的物种，进行基因组从头测序，获得该物种的参考序列，为后续研究和分子育种奠定基础；对有参考序列物种，进行全基因组测序，在全基因组水平上扫描并检测突变位点，发现个体表型差异的分子基础；在转录水平上进行全转录组测序，开展可变剪接、编码序列单核苷酸多态性等研究；分离特定大小的小RNA分子并测序，发现新的microRNA分子；在转录组水平上，结合染色质免疫共沉淀或甲基化DNA免疫共沉淀技术，检测与特定转录因子结合的DNA区域或基因组上的甲基化位点。

3. 研究的基本内容与计划

了解叶绿体基因组的内容与特点特点；学习并掌握c语言程序设计；掌握对叶绿体基因组的高通量测序结果的分析方法，常有软件。

计划：2016年一月到到2016年四月，学习《c语言程序设计》

2016年三月到到2016年五月，使用计算机叶绿体基因组进行数据分析，并学习对测序结果进行分析的方法。

4. 研究创新点

测序技术推进科学研究的发展。

传统的对单个基因进行研究的方式已无法满足后基因组时代的要求，要对生命的复杂活动有全面和深入的认识,必然要在整体、动态、网络的水平上进行研究。

随着第二代测序技术的迅猛发展，科学界开始越来越多地应用第二代测序技术来解决生物学问题。