马尾松球果不同时期发育转录组表达与途径分析开题报告

全文总字数：2262字

1. 研究目的与意义

马尾松（pinus massoniana lamb.）是松科松属乔木，分布极广，北自河南及山东南部，

南至两广、湖南、台湾，东自沿海，西至四川中部及贵州，遍布于华中华南各地，是中国南部主要材用树种，经济价值高。其球果为卵圆形或圆锥状卵圆形，长4-7厘米，径2.5-4厘米，有短梗，下垂，成熟前绿色，熟时栗褐色，陆续脱落。花期4-5月，球果第二年10-12月成熟。

转录组是特定组织或细胞在某一发育阶段或功能状态下转录出来的所有rna的集合。转录组研究能够从整体水平研究基因功能及基因结构，揭示特定生物学过程及疾病发生过程中的分子机理。传统的转录组研究方法是建立cdna文库，sanger法测序获得基因，构建基因芯片，其缺陷是操作复杂，实验周期长。近年来，随着dna高通量测序技术的发展，产生了rna测序技术（rna-seq）。本文旨在利用rna-seq技术对马尾松球果7个不同时期的转录组进行比较，获得相关差异表达unigene序列，再通过pathway富集性分析和go分类将差异表达unigene归类，并将与发育有关途径的unigene序列在kegg数据库中进行比对，获得相关的同源蛋白质，通过对编码这些同源蛋白质的基因在发育表达模式进行分析。

2. 国内外研究现状分析

1.国外转录组研究现状

随着生命科学的发展进入后基因组时代，应运而生的是新一代rna-seq技术。rna-seq是一种建立在新一代illumina高通量测序平台上的cdna测序新兴技术，最初由brian t. wilhelm 的研究团队和ugrappa nagalakshmi 的研究团队分别在《nature》和《science》杂志发表了利用rna-seq技术阐述裂殖酵母和酿酒酵母转录组的研究论文，标志着rna-seq技术的建立。

ruth grene采用rna-seq方法分析了玉米抗旱转录组基因表达谱。研究发现：在玉米子房中，应答干旱胁迫的基因要多于叶分生组织，且参与细胞分裂和细胞周期的基因转录本丰度大大下降。strau等利用rna-seq技术，从辣椒材料中，分离鉴定出1个抗黄单胞菌杆菌的基因bs4c，该基因能够调控对黄单胞菌类转录激活因子效应蛋白的识别。

3. 研究的基本内容与计划

研究内容：

1.转录组测序

采用常规ctab法和试剂盒提取各个时期马尾松球果的总rna，并对各样品总rna进行illumina高通量测序。

4. 研究创新点

利用RNA-seq技术对马尾松球果7个不同时期的转录组进行比较，获得相关差异表达Unigene序列，再通过Pathway富集性分析和GO分类将差异表达Unigene归类，并将与发育有关途径的Unigene序列在KEGG数据库中进行比对，获得相关的同源蛋白质，通过对编码这些同源蛋白质的基因在发育表达模式进行分析。