豆科植物SSR分析研究开题报告

1. 研究目的与意义

本课题通过分析网络数据库中大量的豆科的相关表达文库中的相关序列，拼接，并搜寻相关的ssr序列，分析其在不同类群中的差异，探索豆科植物之间的异同及其与人类选育是否有关联。

根据对数据分析处理得到的结果，制成相应的图表，得到不同类群之间的异同，补充对豆科植物研究的漏洞。

本课题既可以体现人类选育对豆科植物的影响，也可以为进一步选育提供理论基础，同时，为探索est_ssr在标记辅助育种、基因定位、遗传多样性分析中的应用奠定基础。

2. 国内外研究现状分析

目前国内外对植物SSR的研究较为丰富，主要分为：植物EST_SSR的信息分析和研究、EST_SSR标记的开发及其在植物中的分布特点、EST_SSR标记及其在相关研究中的应用、EST_SSR标记在基因组学的应用等研究内容。

3. 研究的基本内容与计划

2013年11月20日自ncbi公共数据库上下载豆科植物est_ssr序列，下载完成后通过cap3软件计算得到有效文件为fasta格式文件，再将fasta格式文件通过misa软件计算，得到有效文件为misa格式和statistics格式。

将最后得到的有效文件进行统计和分析，并整理成excel表格，再通过图表和文字并用的方式分析说明得到的结果。

　　（1）2013年11月下旬从ncbi公共数据库上下载已有的豆科植物的est_ssr序列　　 （2）2014年1月上旬，利用cap3软件对下载的数据进行拼接去冗，得到有效文件为fasta格式　　 （3）2014年1月中下旬，利用misa软件计算fasta格式的文件，得到的有效文件为misa格式和statistics格式 （4）2014年2月，开始处理最后得到的数据，进行统计学分析

4. 研究创新点

本文通过研究豆科这一大科的SSR来弥补前人没有完整的对豆科植物的SSR进行过研究的漏洞。

希望通过本文的分析和研究得出人类选育对豆科植物的影响，也可以为进一步选育提供理论基础，同时，为探索EST_SSR在标记辅助育种、基因定位、遗传多样性分析中的应用奠定基础。