樟疫霉GPCR-PIPK基因家族生物信息学分析及其表达规律研究开题报告

1. 研究目的与意义

樟疫霉(phytophthora cinnamomi)引起的病害是农林生产上的严重病害，对农田、森林、园艺等经济体系造成巨大影响。

通过感受外界信息后将信号传导到细胞内，从而激活细胞内的一系列信号传导途径，并最终影响生物个体的生长发育。

目前在哺乳动物及人类中，gpcr作为重要的药物靶标得到广泛的研究；在植物、真菌和其它物种中也被广泛的报道[1]，但在疫霉中gpcr的相关研究报到还非常少。

2. 国内外研究现状分析

2.1樟疫霉研究进展2.1.1 樟疫霉的概况樟疫霉属于卵菌门（oomycota)、卵菌纲（oomycetes)、霜霉目（peronosporales）、腐霉科（ pythiaceae）、疫霉属（phytophthara）,可侵染樟属植物引起根部腐烂以及枝干溃疡等病害，会对在樟属植物造成毁灭性的打击。

据报道，樟疫霉已经造成澳大利亚西南部地区森林发生结构和植物种群变化，已经严重威胁到当地自然生态系统以及生物多样性。

在中国，樟疫霉还可以危害雪松，造成雪松疫霉腐烂病。

3. 研究的基本内容与计划

3.1 实验数据采集与处理樟疫霉、大豆疫霉、橡树疫霉、致病疫霉的全基因组数据已经全部测序完成并公开，将四种疫霉的基因组数据下载并本地化。

目前在各物种累计报道的g蛋白偶联受体总共有3061个，利用blastp序列比对算法在四种疫霉基因组数据库中分别搜索同源序列基因，将得到的大量序列分别在smart, interproscan等蛋白数据库预测网站中进行序列分析，排除大量不具有跨膜结构域和具有跨膜结构域的非gpcr-pipk候选基因，如abc transport、腺苷酸环化酶等。

樟疫霉的生活史阶段包括菌丝(my)、产孢菌丝(sp)、游动孢子(zo)、休止孢(cy)、休止孢萌发(gc)和侵染模式植物本氏烟寄主，准备各个阶段的样品用于提取rna。

4. 研究创新点

1.方法多样化。

利用固体培养和液体培养等多种方式培养。

2.利用定量pcr的方法进行试验测定。