西番莲SSR分子标记开发开题报告

1. 研究目的与意义

基于西番莲转录组测序数据，设计和筛选多态性SSR引物，建立和完善西番莲SSR分子标记体系，为进一步研究西番莲种质资源遗传变异模式提供多态性DNA标记。

2. 国内外研究现状分析

国内近几年对西番莲的研究，主要是针对它的栽植技术、加工工艺技术、保鲜技术、组成成分、侵染西番莲的病毒分子的鉴定、西番莲病害的发生与防治以及产业现状等方面。

而从遗传角度研究西番莲的只有3篇文章：发表于2017年的西番莲dna条形码遗传多样性分析，发表于2014年的24份西番莲种质ssr分子标记分析以及更早的2008年的西番莲种质资源遗传多样性研究，其中只有2014年的这篇文章研究方向是西番莲ssr分子标记。

但是其他植物，比如白花草木樨、榧树、厚朴、花椒、野生稻等，都有基于ssr分子分析、标记与开发的文献，可以作为参考。

3. 研究的基本内容与计划

研究内容：1、基于西番莲转录组数据，筛选生物信息预测得到的潜在ssr位点，开发一批多态性较高的ssr引物，以期为西番莲种质鉴定、 亲缘关系分析、 基因的定位及分子标记辅助选择育种提供理论性依据。

①查阅相关文献，了解西番莲的生物学特性和ssr分子标记的基本原理；②基于转录组预测的ssr位点数据，设计合适的ssr引物；③建立优化高效的西番莲ssr反应体系； ④验证引物的有效性，筛选出条带清晰的ssr引物。

2、实验数据采集及处理 ①运用misa软件筛选ssr候选位点；②利用primer 3.0程序批量设计含有ssr位点的引物； ③采用聚丙烯酰胺凝胶电泳法，优化西番莲ssr反应体系； ④通过初筛、复筛，开发出一批条带清晰的ssr引物。

4. 研究创新点

在通过分子标记对植物的种质资源遗传与分子多态性的研究方面，国内外都取得了较为显著的成就。

但是目前国内研究的植物大多是豇豆、杜鹃、花椒、野生稻等，而对西番莲SSR分子标记分析与开发研究的很少。