江苏省虫株的SNP遗传多样性分析开题报告

1. 研究目的与意义

松材线虫病是一种发生在松树上的病害，又称为松树萎蔫病，分布于日本，美国，韩国，中国等多个国家。我们此次研究的课题是比较江苏省与其他省份的虫株遗传规律性，用来区分不同地区的松材线虫的遗传规律，继而采取更有针对性的治理松材线虫病以及掌握松材线虫的预防。

2. 国内外研究现状分析

2007年，通过对68个二代三口家系进行上述3个SNP位点的遗传规律调查，在4个被否定了生物学亲子关系家系中，2个家系由3个SNP位点共同排除父权；另外2个家系在一个位点排除父子关系，其余64个家系均未否定生物学亲子关系。此结果与其他检测系统的结果相同，表明本研究方法可以应用于法医学鉴定。我们还将中国辽宁地区汉族群体-889 SNP位点的频率分布与14个不同种族的群体进行比较，结果发现辽宁汉族与中国湖北汉族、广西壮族、亚洲的朝鲜和韩国人群的频率分布无显著性差异(P＞0.05)，而与欧洲、美国白人以及美国黑人群体具有显著性差异(P＜0.05)。

2011年，以SNP为遗传标记,分别使用直接测序技术、荧光定量PCR技术及高保真酶特异性检测技术,建立三种不同的SNP遗传标记的检测体系,并把这些方法应用于近交系大鼠常用品系和新培育品系的遗传检测中。还对封闭群大鼠的SNP位点的基因型进行研究,对其基因频率、基因型频率及杂合性进行了探讨。这些研究不仅为近交大鼠品系间的鉴定提供了实验依据,而且还为近交系和封闭群大鼠的遗传检测提供了新技术。本研究对提高我国实验动物遗传检测技术水平,促进生命科学发展具有重要意义。

3. 研究的基本内容与计划

研究内容以及计划：（1）10-11月份进行松材线虫虫株的采集，分离，鉴定与培养。（2）12月份进行松材线虫基因组的DNA。(3)12月份下旬进行高通量测序。（4）1月份进行松材线虫基因组的比对。（5）3月份筛选地理特异性SNP位点。（6）3月下旬验证SNP位点。（7）4月份建立疫源追溯体系。

4. 研究创新点

随着生物技术的不断发展而发展起来一类高通量，自动化程度较高的SNP检测方法焦磷酸测序。是设计带有生物素标记的扩增引物，通过PCR反应生成含有生物素标记的目的基因片段，然后制备测序单链模板使之与测序引物杂交结合，放入PyroMark Q96 ID实时定量焦磷酸序列分析仪中反应，在ATP硫酸化酶、荧光素酶、DNA聚合酶、三磷酸腺苷双磷酸酶这4种酶的催化作用下，焦磷酸基团转化为可见光信号，并转化为峰值。通过检测SNPs位点C/T（或A/G）峰高比值，即可直观、快速分析结果。