鹅掌楸基因组部分SNP标记的开发开题报告

1. 本选题研究的目的及意义

鹅掌楸（liriodendronchinense）是我国特有的珍贵树种，具有重要的观赏价值和经济价值。

然而，由于栖息地丧失和过度采伐等原因，鹅掌楸野生种群数量急剧减少，已被列为国家二级保护植物。

为了更好地保护和利用鹅掌楸资源，开展其遗传多样性研究和分子育种工作至关重要。

2. 本选题国内外研究状况综述

#国内研究现状近年来，国内学者对鹅掌楸的研究主要集中在种群遗传结构、谱系地理学、保护遗传学等方面。

例如，钱等（2010）利用issr标记分析了鹅掌楸不同地理种群的遗传多样性和遗传结构，李等（2015）利用aflp标记研究了鹅掌楸的谱系地理学。

然而，目前国内尚未见关于鹅掌楸snp标记开发的报道。

3. 本选题研究的主要内容及写作提纲

##主要内容1.采集鹅掌楸不同地理种群的叶片样品，提取基因组dna。

2.利用高通量测序技术，对鹅掌楸基因组进行部分测序。

3.对测序数据进行质量控制和组装，并进行snp位点识别和注释。

4. 研究的方法与步骤

本研究将采用如下技术路线：1.样品采集与dna提取:采集鹅掌楸不同地理种群的叶片样品，利用植物基因组dna提取试剂盒提取基因组dna。

2.高通量测序:将提取的基因组dna构建文库，并利用illuminahiseq平台进行测序，获得鹅掌楸基因组的部分序列数据。

3.数据分析:对测序数据进行质量控制，利用生物信息学软件对高质量的测序数据进行组装，并与参考基因组进行比对，识别snp位点。

5. 研究的创新点

本研究将在国内首次开展鹅掌楸SNP标记的开发，为鹅掌楸的遗传多样性评估、种质资源鉴定、分子标记辅助选择育种等提供重要的技术手段，具有重要的创新性和应用价值。

6. 计划与进度安排

第一阶段 （2024.12~2024.1）确认选题，了解毕业论文的相关步骤。

第二阶段（2024.1~2024.2）查询阅读相关文献，列出提纲

第三阶段（2024.2~2024.3）查询资料，学习相关论文

7. 参考文献（20个中文5个英文）

[1] 郭林林, 张震, 马海, 等. 基于简化基因组测序的银杏叶绿体基因组遗传变异研究[j]. 林业科学, 2021, 57(11): 1-12.

[2] 齐建伟, 赵天田, 梁坤, 等. 基于简化基因组测序的杜仲群体遗传结构分析[j]. 林业科学, 2022, 58(04): 104-113.

[3] 杜威, 王晓, 孙晓梅, 等. 基于snp标记的中国李群体遗传多样性及品种分类[j]. 园艺学报, 2019, 46(05): 853-863.