肺癌中嗜乳脂蛋白基因家族功能的生物信息学研究开题报告

1. 研究目的与意义

研究背景:肺癌是指起源于支气管黏膜上皮或肺泡上皮的一种恶性肿瘤。是一种复杂的疾病，由不同的组织学和分子类型组成，具有临床相关性。根据主要组织类型、预后和治疗意义，肺癌分为两大类：小细胞癌（sclc，13%的病例）和非小细胞癌（nsclc，83%的病例）。随着分子分型和靶向治疗的出现，非小细胞肺癌进一步分为腺癌（adenocarcinoma，adc）及其变体、鳞状细胞癌（squamous cellcarcinoma，sqcc）和大细胞肺癌（large-celllung carcinoma，lclc）三大类。同时也有一些其他类型包括唾液腺型肿瘤、肉瘤样癌等，但其在非小细胞肺癌病例中占比极少。adc代表了非小细胞肺癌的大多数，占所有肺癌病例的38.5%。adc被定义为具有腺分化的恶性上皮性肿瘤，可以通过粘蛋白染色（如粘蛋白）或肺细胞标记物表达（如天冬氨酸蛋白酶（aspartic proteinase）或甲状腺转录因子1（ttf1））检测到粘蛋白的产生。sqcc占所有肺癌的近20%。sqcc通常出现在中央位置，起源于主支气管或叶支气管。组织学上，sqcc被世界卫生组织（who）定义为一种恶性上皮肿瘤，表现为角化或细胞间桥，或表达鳞状细胞分化的免疫组化（immunohistochemistry，ihc）标记物。lclc占所有肺癌的2.9%。lclc被定义为未分化的非小细胞肺癌，没有鳞状细胞、腺样细胞或小细胞分化的组织学或ihc证据。lclc的诊断需要在排除sqcc、adc或sclc（small-cell carcinoma）后对手术切除的标本进行广泛取样，因此不能在活检或细胞学标本上进行。

研究目的:本文旨在揭示btns对肺癌的作用，为肺癌的诊断和治疗提供线索。

研究意义:在当今世界范围内，肺癌是第二大癌症且致死率位居第一，因为其极高的致死率和致病率引起了广泛的关注。嗜乳脂蛋白（butyrophilins，btns）基因家族与b7家族有着类似的结构并且在免疫过程中起着关键的作用，本文旨在揭示btns对肺癌的作用，为肺癌的诊断和治疗提供线索。

2. 研究内容和预期目标

本课题的主要研究内容包括BTNs基因家族的基因结构、进化关系进行分析，同时对其在肺癌中的表达模式、与患者预后的相关性进行分析，同时对其在肺癌中的表达模式、与患者预后的相关性进行分析，揭示BTNs在肺癌中的作用，进而为肺癌的诊断和治疗提供线索。

3. 研究的方法与步骤

研究方法：

通过ensembl、smart、mega、rstudio等工具对btns基因家族的序列信息、表达数据及其与免疫的关系等方面进行分析。

具体的研究步骤：

4. 参考文献

5. 计划与进度安排

1、第17周（20-21-1学期）-第3周（2022年12月28日--2022年3月21日）：根据和导师讨论确定的论文题目，大量阅读文献，其中选择10篇以上参考文献（外文1-2篇或以上）进行深入阅读，参照任务书写出开题报告。选择一篇外文（5000字以上，文献内容要结合本研究内容）进行全文翻译。

2、第4周（2022年3月22日--2022年3月28日）：在充分调研文献的基础上，制定实验具体实施计划，进行试验研究的前期准备工作；

3、第5周-第11周（2022年3月29日--2022年5月16日）：根据任务内容实施试验，包括btns基因家族的基因结构分析、btns基因家族的进化树分析、btns基因家族在肺癌中的表达模式分析、 btns基因家族与肺癌患者的预后相关性分析等；