鲀属COI和ATP8序列分析及分类的有效性开题报告

1. 研究目的与意义

随着pcr技术的逐渐成熟以及直接测序发的广泛应用，线粒体dna已经成为了人们研究系统发育的标记^[1]。已经有大量利用线粒体dna研究鱼类的遗传结构的文章被发表。从1983 年至今dna测序技术已经被广泛应用于群体的遗传研究，在dna 水平上探究自然选择作用成了进化生物学界的一个焦点，在众多的基因中都检测到了自然选择的存在^[2]。

coi基因是mtdna上的一段蛋白质编码基因，长度大约970bp左右，最近这段时间，coi基因已经被引用到系统的发育以及遗传和进化的研究中去^[1]。

线粒体dna中的coi基因等具有较强的中间解析和鉴别能力，因此在在脊椎动物和无脊椎动物的系统发生和遗传进化的研究中常常被作为分子标记而得以广泛应用。并有学者通过差速离心和dnasei核酸酶处理等步骤，从鱼类的线粒体中分离出线粒体dna的方法为我们的实验提供了基础。林元烧等通过鳞虾coi基因的片段序列测得其碱基组成含量并与其它属虾类的核苷酸进行了对比^[3]。张凤英等通过鲳属鱼线粒体coi进序列中测得变异点位以及遗传距离，为了保护鲳属鱼类和系统进化提供了重要的依据^[4]。通过对各种生物coi基因序列的分析为我们构建了各物种的系统进化树。而有学者研究发现atp8基因序列保守，相较于其他基因鉴别能力较弱。

2. 研究内容和预期目标

本文从鲀属鱼类身上提取COI基因通过克隆并测序来探索鲀属种之前的分子遗传距离和相对亲缘关系，为进一步深入研究鱼类分子进化提供有价值的实验数据。

3. 研究的方法与步骤

(一)鲀属鱼类线粒体基因组dna的分离方法优化

1.1 实验材料和试剂：

1. 5mol/l的tris母液：称取60.5 g tris，加蒸馏水定容至100ml

4. 参考文献

[1]邵爱华,朱江,陈葵,等.暗纹东方鲀线粒体coi 及其侧翼trna 基因的克隆与序列分析[j].2006, 28(8):963-971.

[2]张龙岗,杨玲,李娴,等. 利用mt dna coi 基因序列分析引进的澳洲虫纹鳕鲈群体遗传多样性[j]. 水产学杂志,2013,26(2):14-18.

[3]林元烧,曹文清,方旅平,等.中华假磷虾线粒体dnacoi基因片段序列分析[j].厦门大学学报(自然科学版),2004,43(6):842-846.

5. 计划与进度安排

2022年11月18日---2022年1月20日：确定论文选题，与指导教师见面。查阅相关文献。

2022年1月21日---2022年2月26日：接受任务书。

第2-6周（2022年2月29日---2022年4月1日）：综合相关文献资料，撰写开题报告，原材料制备，完成实验前准备工作，配制各实验所需药品；学习提取鱼的线粒体coi和atp8基因。学会使用pcr仪，对pcr反应体系，循环参数进行摸索和调整等措施，学会制胶，学习制备感受态细胞，pcr目的基因。